1. Vụ Kế hoạch;
2. Vụ Tài chính;
3. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường;
4. Vụ Hợp tác quốc tế;
5. Vụ Tổ chức cán bộ;
6. Vụ Pháp chế;
7. Vụ quản lý doanh nghiệp
8. Thanh tra Bộ;
9. Văn phòng Bộ;
10. Văn phòng Điều phối Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới;
11. Cục Trồng trọt;
12. Cục Bảo vệ thực vật;
13. Cục Chăn nuôi;
14. Cục Thú y
15. Cục Chế biến và Phát triển thị trường Nông sản;
16. Cục Quản lý Xây dựng công trình;
17. Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn;
18. Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản;
19. Trung tâm Tin học và Thống kê;
20. Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
21. Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia;
22. Báo Nông nghiệp Việt Nam;
23. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
24. Tổng cục Lâm nghiệp bao gồm các đơn vị sau:
Hạt Kiểm lâm Rừng đặc dụng Bà Nà-Núi Chúa,
Hòa Ninh,
Hòa Vang,
Đà Nẵng.
- Cơ quan Quản lý CITES Việt Nam;
- Văn phòng Tổng cục;
- Vụ Bảo tồn thiên nhiên;
- Vụ Kế hoạch - Tài chính;
- Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế;
- Vụ Pháp chế - Thanh tra;
- Vụ Phát triển rừng;
- Vụ Quản lý sản xuất lâm nghiệp.
- Vườn Quốc gia Ba Vì;
- Vườn Quốc gia Bạch Mã;
- Vườn Quốc gia Cát Tiên;
- Vườn Quốc gia Cúc Phương;
- Vườn Quốc gia Tam Đảo;
- Vườn Quốc gia Yok Đôn.
25. Tổng cục Thủy lợi bao gồm các cơ quan sau:
- Văn phòng Tổng cục;
- Vụ Kế hoạch - Tài chính;
- Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế;
- Vụ Xây dựng cơ bản;
- Vụ Nguồn nước và Nước sạch Nông thôn;
- Vụ Pháp chế - Thanh tra;
- Vụ An toàn đập
- Cục Quản lý công trình thủy lợi (có các chi cục)
- Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật thủy lợi
26. Tổng cục Thủy sản bao gồm các cơ quan sau:
- Văn phòng Tổng cục;
- Vụ Kế Hoạch -Tài chính;
- Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế;
- Vụ Nuôi trồng Thủy sản;
- Vụ Khai thác Thủy sản;
- Vụ Pháp chế - Thanh tra
- Vụ Bảo tồn và Phát triển nguồn lợi thủy sản;
- Cục Kiểm ngư.
- Trung tâm Đăng kiểm tàu cá;
- Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định nuôi trồng hải sản;
- Trung tâm Thông tin Thủy sản.
27. Tổng cục Phòng, chống thiên tai
- Vụ kế hoạch, Tài chính.
- Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
- Vụ Pháp chế, Thanh tra.
- Vụ Kiểm soát an toàn thiên tai.
- Vụ Quản lý thiên tai cộng đồng.
- Vụ Quản lý đê điều.
- Văn phòng Tổng cục.
- Cục Ứng phó và Khắc phục hậu quả thiên tai.
- Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật phòng chống thiên tai.
Các tổ chức sự nghiệp
- Học viện Nông nghiệp Việt Nam
- Đại học Thủy Lợi
- Đại học Lâm nghiệp
- Đại học Nông Lâm Bắc Giang
- Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và PTNT 1
- Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và PTNT 2
- Trường Cao đẳng Công nghệ và Kinh tế Bảo Lộc (Lâm Đồng)
- Trường Cao đẳng nghề Công nghệ và Nông lâm Đông Bắc (Lạng Sơn)
- Trường Cao đẳng Lương thực - Thực phẩm (Đà Nẵng)
- Trường Cao đẳng Nghề cơ điện và Xây dựng Bắc Ninh
- Trường Cao đẳng Thủy sản (Bắc Ninh)
- Trường Cao đẳng Nông lâm Đông Bắc (Quảng Ninh)
- Trường Cao đẳng nghề cơ điện Hà Nội
- Trường Cao đẳng nghề Cơ điện Tây Bắc (Hòa Bình)
- Trường Cao đẳng nghề Cơ điện Xây dựng Tam Điệp (Ninh Bình)
- Trường Cao đẳng nghề cơ điện - xây dựng và Nông lâm Trung Bộ (Bình Định)
- Trường Cao đẳng nghề Cơ giới Ninh Bình
- Trường Cao đẳng nghề chế biến gỗ (Hà Nam)
- Trường Cao đẳng nghề thủy sản Miền Bắc (Hải Phòng)
- Trường Cao đẳng nghề cơ khí nông nghiệp (Vĩnh Phúc)
- Trường Cao đẳng Cơ Điện Phú Thọ
- Trường Cao đẳng Thủy lợi Bắc Bộ (Hà Nam)
- Trường Cao đẳng Công nghệ, Kinh tế và Thủy lợi miền Trung (Hội An- Quảng Nam)
- Trường Cao đẳng nông nghiệp Nam Bộ (Tiền Giang)
- Trường Cao đẳng Cơ điện và Nông nghiệp Nam Bộ (Cần Thơ)
- Trường Cao đẳng Công nghệ và Nông lâm Nam Bộ (Bình Dương)
- Trường Cao đẳng công nghiệp cao su (Bình Phước)
- Trường Cao đẳng nghề cơ điện và thủy lợi (Hưng Yên)
- Trường Cao đẳng nông nghiệp và PTNT Bắc Bộ (Hà Nội)
- Trường Cao đẳng Nghề Cơ Giới (Quảng Ngãi)
- Trường Cao đẳng Cơ Giới và Thủy lợi (Đồng Nai)
- Viện khoa học Lâm nghiệp Việt Nam
- Viện khoa học Nông nghiệp Việt Nam (Thanh Trì, Hà Nội)
- Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm (Gia Lộc, Hải Dương)
- Viện Nghiên cứu Ngô (Dan Phượng, HN)
- Viện Nghiên cứu Rau quả (Gia Lâm, HN)
- Viện Di truyền Nông nghiệp (Từ Liêm, HN)
- Viện Thổ nhưỡng Nông hóa (Từ Liêm, HN)
- Viện Bảo vệ thực vật (Từ Liêm, HN)
- Viện Môi trường Nông nghiệp (Từ Liêm, HN)
- Viện Khoa học kỹ thuật Nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc (Phú Thọ)
- Trung tâm Tài nguyên thực vật (Hoài Đức, HN)
- Viện Khoa học kỹ thuật nông nghiệp Bắc Trung bộ (TP Vinh, Nghệ An)
- Viện Khoa học kỹ thuật Duyên hải Nam Trung bộ (Quy Nhơn, Bình Định)
- Viện Nghiên cứu Bông và Phát triển nông nghiệp Nha Hố (Ninh Thuận)
- Trung tâm Nghiên cứu Dâu tằm tơ Trung ương (Q. Long Biên, HN)
- Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Khuyến nông (Thanh Trì, HN)
- Viện Nghiên cứu Mía đường (Bình Dương)
- Viên Khoa học kỹ thuật nông nghiệp miền Nam (thành phố Hồ Chí Minh)
- Viện KHKT Nông lâm nghiệp Tây Nguyên (Đăk Lăk)
- Viện Cây ăn quả miền Nam (Tiền Giang)
- Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long (Cần Thơ)
- Viện Cơ điện nông nghiệp và công nghệ sau thu hoạch
- Viện Chăn nuôi
- Viện Khoa học thủy lợi Việt Nam
- Viện Khoa học thủy lợi miền Nam (thành phố Hồ Chí Minh)
- Viện Kinh tế và Quy hoạch thủy sản
- Viện Chính sách và chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn
- Viện nghiên cứu Hải sản (Hải Phòng)
- Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I (Bắc Ninh)
- Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II (thành phố Hồ Chí Minh)
- Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III (Khánh Hoà)
- Viện Thú y
- Viện Quy hoạch và thiết kế nông nghiệp
- Viện Quy hoạch thủy lợi
- Viện Quy hoạch thủy lợi miền Nam (thành phố Hồ Chí Minh)
- Viện Điều tra Quy hoạch rừng
- Trung tâm Tin học và Thống kê
- Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư Quốc gia
- Trung tâm nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn
- Trung tâm Y tế lao động
- Trung tâm xúc tiến thương mại
- Báo Nông nghiệp Việt Nam
- Tạp chí Nông nghiệp
- Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản Nông nghiệp
- Bệnh viện nông nghiệp
- Ban Quản lý Trung ương các Dự án Thuỷ lợi
- Ban Quản lý các Dự án Nông nghiệp